Né à Neuilly-sur-Seine le 15 juillet 1867, Jean-Baptiste Charcot est le fils du célèbre neurologue, le Docteur Jean-Martin Charcot (1825-1893), Professeur à la Faculté de Médecine de Paris puis à l’hôpital de la Salpêtrière, réputé pour ses travaux sur les maladies du système nerveux.
Son père lui imposa des études de médecine, alors que Jean-Baptiste avait une vocation de marin depuis son plus jeune âge. Docteur en Médecine en 1895, il put cependant satisfaire en partie sa passion pour la marine en pratiquant la navigation de plaisance. Membre du Yatch Club de France dès 1892, il en deviendra le président en 1913.
Une croisière en 1901 dans les îles Féroé détermine la vocation de Charcot comme navigateur polaire. Son premier voyage scientifique officiel se déroule en 1902 dans les régions arctiques. Il sera suivi de nombreuses autres expéditions dans l’Arctique et dans l’Antarctique. Il fait notamment deux hivernages dans les glaces de l’Antarctique en 1903-1905 et en 1908-1909. La Guerre interrompt ses expéditions. Il met ses compétences maritimes au service de la France et de son alliée l’Angleterre, à bord de bateaux spécialement aménagés pour faire la chasse aux sous-marins ennemis.
Il reprend ses expéditions avec le „Pourquoi-Pas?“ à partir de 1920 dans ses mers et régions de prédilection : les îles Féroé, l’île Jan Mayen, le Groenland (mers de Norvège et du Groenland). À partir de 1925, atteint par la limite d’âge, il perd le commandement de son navire, mais demeure à bord en qualité de chef des missions. Il va effectuer de multiples navigations vers les glaces de l’Arctique. En 1926, il est élu membre libre de l’Académie des Sciences et vice-président de la Société de Géographie. En 1928 il participe à la recherche de l’explorateur norvégien Roald Amundsen, disparu aux commandes de son hydravion.
En février 1934, il rencontre le jeune Paul-Émile Victor. Celui-ci embarque à bord du „Pourquoi-Pas ?“ pour être déposé en hivernage dans l’Arctique. En août 1936, le „Pourquoi -Pas ?“ conduit une nouvelle fois Paul-Émile Victor en hivernage, dernier voyage de Victor avec Charcot et dernier voyage du „Pourquoi-Pas ?“.
Le 15 septembre 1936, en effet, le „Pourquoi-Pas ?“ quitte Reykjavik par temps calme, mais la tempête survient et après des heures de lutte contre les éléments le „Pourquoi-Pas ?“ fait naufrage au petit matin du 16 septembre 1936 au large des côtes de l’Islande, entraînant dans la mort Charcot et l’équipage du „Pourquoi-Pas ?“ Il y eut un seul rescapé, le timonier Gonidec. Plusieurs corps sont rejetés sur la côte dont celui de Charcot, parmi les débris de l’épave du „Pourquoi-Pas ?“
Charcot eut des funérailles nationales à Notre-Dame de Paris le 12 octobre 1936.
Précurseur de l’océanographie contemporaine, à la fois marin et scientifique, Charcot s’inscrit dans la lignée des grands découvreurs et explorateurs des régions polaires. Le dernier navire océanographique d’IFREMER s’appelle „Pourquoi-Pas ?“ pour honorer la mémoire de Charcot et ses coéquipiers.
En 2013 Les Corsaires d’Ango ont fait une expédition de plongée sur l’épave du navire du commandant Charcot, le „Pourquoi-Pas?“ qui sombra le 16 septembre 1936 en Islande. Voir le film et un site sur Charcot et Le „Pourquoi-Pas?“