Jean-Baptiste Charcot wurde am 15. Juli 1867 in Neuilly-sur-Seine geboren. Er war der Sohn des berühmten Neurologen Doktor Jean-Martin Charcot, Professor an der Medizinischen Fakultät in Paris und später im Krankenhaus « La Salpêtrière », berühmt für sein Werk über die Krankheiten des Nervensystems.
Sein Vater zwang ihn dazu, Medizin zu studieren, während Jean-Baptiste sich bereits in jungem Alter zum Seemannsleben berufen fühlte. Er wurde 1895 Doktor in der Medizin, er konnte jedoch seine Leidenschaft für die Seefahrt zum Teil erleben, indem er sich der Vergnügungsschifffahrt widmete. Ab 1892 war er Mitglied des Jachtclubs von Frankreich und wurde 1913 dessen Vorsitzender.
1901 bestimmt eine Kreuzfahrt in die Färöer Charcots Berufung, Polarforscher zu werden. Seine erste offizielle wissenschaftliche Reise findet 1902 in der Arktis statt. Darauf erfolgen zahlreiche andere Expeditionen in die Arktis und die Antarktis. Er überwintert u.a. zweimal im Südpolgebiet (1903-1905 und 1908-1909). Der Krieg unterbricht seine Expeditionen. Er setzt seine Kompetenzen als Seefahrer in dem Dienst Frankreichs und dessen Alliierten England ein, um – an Bord von speziell ausgerüsteten Schiffen – die U-Boote des Feindes zu verfolgen.
Ab 1920 führt er seine Expeditionen mit der « Pourquoi-Pas? » in seine Lieblingsseen und – gebiete weiter: Färöer, Jean Mayen Insel, Grönland (Norwegisches und Grönländisches Meer). Da er ab 1925 die Altersgrenze erreicht, verliert er den Befehl seines Schiffes, bleibt aber als Missionsleiter an Bord. Er wird noch mehrmals in die arktischen Eisgebiete fahren. 1926 wird er zum freien Mitglied der Akademie der Wissenschaften und zum stellvertretenden Vorsitzenden der Geografiegesellschaft gewählt. 1928 nimmt er an der Suchaktion nach dem am Steuer seines Wasserflugzeuges verschwundenen norwegischen Entdeckungsreisenden Roald Amundsen teil.
Im Februar 1934 begegnet er dem jungen Paul-Emile Victor. Dieser schifft sich auf die « Pourquoi-Pas? » ein, um zur Überwinterung in der Arktis abgesetzt zu werden. Im August 1936 bringt die « Pourquoi-Pas? » Paul-Emile Victor zu einer neuen Überwinterung. Es ist Victors letzte Reise mit Charcot und die letzte Reise der « Pourquoi-Pas? ».
Am 15.September 1936 verlässt die « Pourquoi-Pas ?» bei ruhigem Wetter Reykjavik, aber der Sturm bricht los und nachdem sie Stunden gegen die Naturgewalten gekämpft hat, sinkt die « Pourquoi-Pas?» am frühen Morgen des 16.September vor der Küste von Island, wobei Charcot und die ganze Mannschaft ums Leben kommen. Nur ein Mann überlebt: der Steuermann Godinec. Einige Leichen, worunter die von Charcot, werden zusammen mit Überresten des Schiffes auf die Küste angespült.
Charcot erhielt am 12. Oktober 1936 ein Staatsbegräbnis in Notre-Dame de Paris.
Als Vorläufer der heutigen Meereskunde, zugleich Seemann und Polarforscher, gehört Charcot zu den großen Entdeckern und Polarforschern. Das letzte ozeanographische Schiff von IFREMER heißt « Pourquoi-Pas? », um die Erinnerung an Charcot und seine Mannschaftskameraden zu ehren.
2013 haben die « Corsaires d’Argo » eine Tauchexpedition zum Wrack des Schiffes von Kommandant Charcot gemacht, zum « Pourquoi-Pas?», das am 16.September 1936 in Island sank. Sieh Film!